„Stargate: Arma Secretă” prezintă ultima bătălie între echipa Stargate SG-1 și cel mai mare dușman al lor pentru salvarea Pământului. Ori, o rasă de ființe cu puteri de neimaginat, se ascunde în spatele religiei sale pentru a obliga sute de civilizații ale universului să o venereze pentru a nu fi anihilate. Singura speranță de a învinge armata Ori e să găsească un artefact numit Arca Adevarului.